集美大学办学源于1918年著名爱国华侨领袖陈嘉庚先生创办的集美师范学校及其后创办的系列学校。二十世纪九十年代，根据高等教育发展的大趋势和陈嘉庚先生“在集美办成大学”的夙愿，社会各界积极倡议组建集美大学，得到了中央领导的重视。在中央和省委的支持下，福建省政府联合交通部、农业部和厦门市政府四方达成了联合筹建集美大学的协议，一致认为“集美学村要继续遵循陈嘉庚先生的办学宗旨，积极创造条件，依靠社会集资和华侨捐资办学，在集美学村创办一所面向海内外侨胞、港澳同胞和台湾同胞的综合性、开放型、国际化的集美大学”。1994年，国家教委特事特办，正式批准集美航海学院（隶属交通部）、厦门水产学院（隶属农业部）、福建体育学院（福建省属）、集美财经高等专科学校（福建省属）、集美高等师范专科学校（厦门市属）等5所高校合并组建“集美大学”，时任中共中央总书记江泽民同志题写校名，时任国务院总理李鹏同志为学校题词，时任国务院副总理李岚清同志对合并工作多次奔劳并亲自为学校校牌揭幕。

集美大学挂牌后，李岚清副总理希望延续四方共建办学的形式，加强福建省与交通部和农业部的交流合作，凝聚各方力量推动集美大学的建设与发展。1994年9月，时任福建省委书记贾庆林和省长陈明义提议设立集美大学董事会。李岚清副总理十分赞成这个提议，他在厦门听取了集美大学的合并工作汇报后，说“学校不要叫董事会，叫校董会好”，并提议由在任福建省省长任校董会主席。随后，省政府召集四方联合办学联席会议，明确筹建集美大学校董会，主要基于以下考虑：集美大学海外影响较大。学校为陈嘉庚先生创办，在海内外有广泛的影响，特别是集美学校各校校友遍布海外，在当地社会具有重要影响，成立校董会不仅有利于支持集美大学办学，对于祖国统一大业也能起到积极作用。弘扬陈嘉庚先生爱国兴学精神。陈嘉庚先生是倾资兴学的楷模，在他创办的学校成立校董会有利于进一步弘扬嘉庚精神，凝聚社会各界力量支持学校的发展。继续发挥合并院校原主办单位力量协力办好学校。集美大学由两所部属院校、两所省属院校、一所市属院校合并组建，成立校董会，建立常态性的协调机制，有利于凝聚原主管各方的力量，继续大力支持学校办学，也为省部共建奠定坚实的基础。

1996年9月9日，集美大学校董会正式成立，时任福建省委书记贾庆林任名誉主席、省长陈明义任主席，时任交通部副部长洪善祥、农业部副部长洪钹曾、福建省政府分管教育的副省长王良漙、厦门市市长洪永世等任副主席。历任福建省省长习近平、贺国强、陈明义、卢展工、黄小晶等均担任过校董会主席。1999年至2002年，习近平总书记在任福建省省长时担任集美大学校董会主席，先后7次到学校指导工作，为刚实现实质性合并的集美大学打下坚实的发展基础。除省市、部委领导外，校董会成员多数是海内外著名的实业家、企业家和学者，同时还包括具有很大社会影响力的校主陈嘉庚先生的后裔。成立之初，省政府聘请了一批海内外知名人士如卢嘉锡、钱伟长、李引桐、孙炳炎、庄炎林、黄克立、彭德清、陈乃昌等为校董会顾问，同时还聘请李尚大先生等海外华侨侨领和知名人士到校董会任职。

历届校董会以“弘扬嘉庚精神、凝聚海内外各界力量”为己任，在指导集美大学办学、推动省部共建、支持和发动社会捐赠、促进集美大学的国际合作与交流等方面做出了重大贡献，在集美大学发展的各个阶段发挥了不可替代的特殊作用。集美大学从一所普通本科高校成长为省重点建设高校，形成了本科到博士完善的人才培养体系，并拥有了博士后科研工作站。学校还通过校董会累计筹集了近9亿元人民币的社会捐赠资金。同时，校董会也成为福建省联系海外侨胞的桥梁和凝聚海内力量的平台，在海内外产生了广泛的影响。